La tutoría impartida en la Maestría es un proceso de acompañamiento por parte de un profesor que otorga apoyo y seguimiento al estudiante asignado desde su ingreso hasta su egreso del programa. Un tutor de seguimiento académico también puede ser el director de tesis. Por varias generaciones hemos observado que la asignación director de tesis-tutor ha tenido beneficios para el estudiante, para la formación y los resultados de investigación. Debido al carácter interinstitucional del programa cada estudiante cuenta incluso con un director y un co-director de tesis, uno de la Universidad de Guadalajara (UdeG) y el otro adscrito a la Universidad de Leipzig (UL). Tanto el director como el co-director asumen regularmente la función de tutores de los estudiantes, aunque también se designa a otros tutores de acuerdo al perfil y LGAC del tema de las tesis.