El programa se estructura en dos líneas de generación y aplicación del conocimiento (LGAC) definidas por la Junta Académica: 1) Desarrollo Local y Espacio Urbano y 2) Territorio y Gestión, las cuales involucran las siguientes temáticas:

La línea de Espacio Urbano y Desarrollo Local se orienta a la investigación de los procesos de desarrollo cuyo espacio de acción central es la ciudad, al conformarse ésta como el lugar donde preferentemente se localizan las actividades económicas, sociales, políticas e institucionales, dadas sus funciones e infraestructuras. Las temáticas de la línea de investigación giran en torno al tratamiento de los problemas sociales, económicos, políticos e institucionales y urbanos que afectan el desarrollo de las ciudades, relacionados también a la ordenación y la planeación territorial, e incluso en los conflictos socioambientales.

La línea de Territorio y Gestión se orienta a los estudios territoriales y al análisis de los problemas vinculados con los cambios económicos y socioculturales en sociedades rurales y periurbanas, el medio ambiente y la sustentabilidad, así como lo relacionado con el turismo, el paisaje y el patrimonio. Se trata de una línea de investigación que contribuye desde una perspectiva integral al análisis y la propuesta de soluciones a problemas específicos ligados al territorio y los procesos culturales y bioculturales, así como aquellos relacionados con la preservación sustentable de la diversidad biológica, los saberes locales y los procesos sociopolíticos.

En ambas LGAC se han precisado las siguientes temáticas que los profesores del NAB y los alumnos de las últimas generaciones han desarrollado: