El programa del Doctorado en Humanidades toma como base una serie de convenios vigentes que el CUCSH tiene con otras dependencias públicas y privadas. Verbigracia, la Comisión Estatal de Derechos Humanos de Jalisco (CEDHJ), la Comisión Nacional para el Desarrollo de los Pueblos Indígenas, el Consejo Estatal para la Cultura y las Artes de Jalisco, el Consejo Nacional para Prevenir la Discriminación (CONAPRED), el Instituto de Estudios y Documentos Históricos, el Instituto Jalisciense de Antropología e Historia, Instituto Jalisciense de las Mujeres, Instituto Nacional de Antropología e Historia, la Suprema Corte de Justicia de la Nación, la Unión de Comunidades Indígenas Huicholas de Jalisco, entre otras.

Por otra parte, también se cuenta con convenios generales con otras Instituciones de Educación Superior (IES) que permiten proyectar un posible intercambio académico o movilidad de profesores y estudiantes. Entre las IES se encuentran las siguientes: Universidad Nacional Autónoma de México, Universidad Autónoma de México, Universidad Autónoma de Baja California, Universidad Intercultural de Chiapas, Universidad Autónoma de Nuevo León, Colegio de la Frontera, A.C. Asimismo, hay convenios con IES internacionales: Universidad Federal de Integración Latinoamericana, la RudeColombia, la Universidad de Leipzig y la de Colonia en Alemania, entre otras.